Entre las capillas laterales destaca el baptisterio del siglo XVIII de Giuseppe Sardi, y sobre todo la capilla Fonseca, diseñada por Gian Lorenzo Bernini, con el busto de mármol del cliente, obra del propio Bernini. En la capilla de San Francesco se pueden admirar algunas pinturas del artista caravaggesco francés Simon Vouet.
La Capilla de San Giuseppe (llamada así por el cuadro de San Giuseppe de Alessandro Turchi, aún existente), antiguamente noble Capilla de los príncipes Ottoboni, Duques de Fiano, familia del Papa Alejandro VIII, que la tuvo, con Breve papal, en «perpetua concesión» (todavía se ve su escudo en lo alto de la entrada).
Los trabajos de restauración patrocinados por Urban Vision y realizados entre 2003 y 2004, devolvieron a los antiguos tejados su esplendor original, realizados con gran maestría por una empresa de restauración especializada en obras monumentales.